Ja, die GEPA lehnt Gentechnik grundsätzlich ab. Stattdessen unterstützt die GEPA ihre Partner dabei, auf ökologische Landwirtschaft umzustellen. Auch die Produkte der GEPA, die nicht aus ökologischem Anbau stammen, sind gentechnikfrei. Beispielsweise verzichtet die GEPA bei ihren Schokoladen seit Ende der 90er-Jahre auf den Einsatz von Soja-Lezithin als Emulgator, da Soja-Lezithin in der Vergangenheit häufig gentechnisch verändert war.